A estrutura de Tsukiji Hongwanji é modelada com base na arquitetura budista antiga encontrada na Índia e em outros países asiáticos, e foi projetada pelo arquiteto Ito Chuta, que também participou do desenho conjunto de projetos como o Santuário Heian Jingu em Quioto e o Santuário Meiji Jingu em Harajuku em Tóquio. Ito foi famoso por seu amor por “yokai”, um termo usado para descrever os monstros japoneses tradicionais, e o templo é decorado com diversas esculturas de criaturas. Dentre elas, leões alados, bois, cavalos, cães-leão shishi, elefantes, pavões, macacos, fênix chinesas e figuras exóticas e estranhas chamadas “grotescas”. Além das representações de quatro animais chineses lendários, que estão escondidos no interior: o Dragão Azul, o Pavão Vermelho, o Tigre Branco e a Tartaruga Negra.
O telhado arredondado do templo é modelado espelhando a folha da árvore sagrada Bodhi. Uma flor de lótus é retratada no centro da fachada. Um grande órgão de tubos foi instalado dentro do salão principal de adoração e vitrais podem ser vistos acima da porta do templo. São características arquitetônicas únicas do templo. Os visitantes são incentivados a apreciar a arquitetura distinta do templo que somente Ito Chuta, que viajou extensivamente pela Rota da Seda, poderia criar.