La struttura dello Tsukiji Hongwanji è modellata sull’antica architettura buddista che si trova in India e in altri paesi dell’Asia, ed è stata progettata dall'architetto Itō Chūta che ha contribuito anche alla progettazione congiunta di opere quali il santuario Heian Jingu a Kyoto e il santuario Meiji Jingu nella zona Harajuku di Tokyo. Itō era famoso per il suo amore per gli “yōkai”, un termine utilizzato per descrivere i tradizionali mostri giapponesi, e il tempio è decorato con varie creature scolpite: ad esempio leoni alati, buoi, cavalli, cani leone shishi, elefanti, pavoni, scimmie, fenici cinesi e insolite figure esotiche chiamate “grotesque”. In aggiunta, l’interno nasconde raffigurazioni di quattro leggendari animali cinesi: il Drago Azzurro, l’Uccello Vermiglio, la Tigre Bianca e la Testuggine Nera.
Il tetto tondeggiante del tempio richiama la foglia del sacro albero della Bodhi. Al centro della facciata è raffigurato un fiore di loto. All’interno della sala di preghiera principale è stato installato un grande organo a canne e sopra la porta del tempio è possibile ammirare una vetrata colorata. Anche tali caratteristiche architettoniche sono uniche del tempio. I visitatori vengono incoraggiati a venire a conoscere l'architettura inconfondibile del tempio che soltanto Itō Chūta, che ha percorso in lungo e in largo la Via della Seta, è stato in grado di creare.