L’architecture extérieure du temple Tsukiji Hongwanji s’inspire de différents temples d’Asie du Sud, principalement indiens, et a été dessinée par l’architecte Ito Chuta, qui a également conçu divers monuments comme le sanctuaire Heian Jingu à Kyoto et le sanctuaire Meiji Jingu du parc Yoyogi, dans le quartier de Harajuku à Tokyo. Ito Chuta est célèbre pour sa passion des yōkai, ces êtres fantomatiques ou monstres traditionnels japonais, dont les sculptures ornent le temple. Il s’agit notamment de lions ailés, de bœufs, de chevaux, de lions gardiens, d’éléphants, de paons, de singes, de phénix chinois, et de figures exotiques et étranges appelées « grotesques ». quatre animaux chinois légendaires sont également représentés : le dragon bleu, le paon rouge, le tigre blanc et la tortue noire sont dissimulés à l’intérieur.
Le toit rond du temple est modelé d’après la feuille de l’arbre sacré de la Bodhi. Une fleur de lotus orne le centre de la façade. De grandes orgues ont été installées dans la salle de culte principale, et des vitraux encadrent le dessus de la porte du temple. Ce mélange de culture confère un caractère unique à l’architecture du temple. Les visiteurs sont invités à venir découvrir l’architecture particulière du temple que seul Ito Chuta, qui a beaucoup voyagé sur la Route de la soie, était capable d’imaginer.