La estructura de Tsukiji Hongwanji se modeló basándose en la antigua arquitectura budista presente en la India y en otros países asiáticos y fue diseñada por el arquitecto Ito Chuta, que también participó en el diseño conjunto de proyectos como el Santuario Heian Jingu de Kioto y el Santuario Meiji Jingu de Harajuku, de Tokio. Ito era famoso por su pasión por los "yokai", un término usado para describir a los tradicionales monstruos japoneses y el templo está decorado con varias esculturas de criaturas. Se incluyen leones alados, bueyes, caballos, leones de Fu, elefantes, pavos reales, monos, fénix chinos y figuras exóticas y extrañas llamadas "grotescas". Además, hay representaciones de cuatro animales chinos legendarios: en su interior se esconden un dragón azul, un pavo real rojo, un tigre blanco y una tortuga negra.
El tejado redondeado del templo se modeló basándose en la hoja del árbol sagrado de Bodhi. Una flor de loto está representada en el centro de la fachada. En el interior del salón de culto principal se ha instalado un gran órgano y encima de la puerta del templo se pueden ver vidrieras. Estas vidrieras también son características arquitectónicas exclusivas del templo. A los visitantes se les anima a que vengan a disfrutar de la peculiar arquitectura del templo que solo habría podido crear Ito Chuta, que viajó mucho por la Ruta de la seda.